La voûte de la nef centrale, autrefois formée d’un plafond uni, a été cintrée et coupée à chaque travée par des arcs doubleaux  puis décorée. Huit statues se dressent au dessus des chapiteaux des colonnes, d’un côté St Marc, St Jean, St Pierre et le Sacré Cœur, de l’autre côté St Luc, St Mathieu, St Paul et St Jean-Baptiste. Au dessus des cintres huit grands médaillons renferment chacun un sujet biblique. En 1896, toute la voûte et le chœur furent décorés à la peinture. L’église possède quelques statues antiques : un vieux St Martin en chêne massif ; un ancien tabernacle tournant datant du XVe siècle ; un autel à Ste Thérèse dont la statue a été offerte par les religieuses de St Amand Les Eaux ; une statue du St Curé d’Ars avec la liste des tous les curés de Flines depuis 1500 et celle des prêtres originaires de Flines ; une statue de St Hubert avec le cerf miraculeux, une statue de St Roch en souvenir du choléra qui ravagea toute une rue du hameau de Rouillon en 1886 ainsi que l’ancien coq du clocher ...
Au fil des siècles, l’église Saint Martin connut quelques petits changements,  les soubassements des piliers sont aujourd’hui à demi enterrés car autrefois ils se trouvaient environ 50 cm plus bas. Suite au creusement des tombes séculaires, le niveau du cimetière avait remonté et il fallait descendre une pente pour accéder  à l’église. Il fallut amener de nombreux tombereaux de terre pour remettre le tout à niveau et refaire un nouveau pavement. C’est lors de ce chantier que les pierres tombales disséminées dans l’église et dans le chœur furent rassemblées entre les piliers. Sur ces piliers, sont inscrites les notices des pierres tombales d’un ancien mayeur et du chanoine Martin guillotiné sous la révolution.
D’autres pierres tombales se trouvent sous le porche, il s’agit des tombes de Jacques le Martin, seigneur de Wasnes de Flines ; Jacqueline de Peschaut, son épouse ; Françoise de Tramecourt, épouse de Ferdinand De Vos ; Damoiselle Gabrielle De Vos, leur fille ; Pierre-Louis d’Antoing, seigneur de Rougefort  de Flines ; Marie-Josèphe de Gomenpont, son épouse  et Damoiselle Marie-Françoise de Gomenpont, leur fille.  Toujours sous le porche, les armoiries de la famille de Montboissier sont reproduites au dessus de la porte intérieure.
L’église St Martin est ouverte à la visite tous les mardis, mercredis et jeudis de 14 h à 16 h.